1715 yılını yani "Korsanlığın Altın Çağı" denilen dönemi konu alıyor. 1700'lü yılların başında İngiltere, İspanya, Portekiz, Hollanda ve Fransa devletleri arasında bir savaş hüküm sürmektedir. Bu devletlerin tek amacı ise denizleri ele geçirmek. Korsanlar da bu dönemde devletlere çalışıyorlar. Yani paralı askerler. Bir süre süren savaş 1703 yılında Utrecht Antlaşması'nın imzalanıp barışın ilan edilmesi ile sona erer. Bunun sonucunda ise korsanlar işsiz kalır. Ortada kalan korsanlar, ortak çıkarları için birleşirler ve tüm devletlere savaş açarlar. Bu birleşim sonucunda zorunlu kaldıkları için kendi aralarında kurallar oluştururlar. Böylece tarihin ilk gerçek anlamda ırk, din, cinsiyet ayrımı olmayan, demokratik toplumu oluşur. Korsanlar, sayıları arttıkça, devletlerin donanmalarından saklanabilecekleri bir yer bulmaya çalışırlar ve Karayipler'e yerleşirler. Buralarda şehirler, sığınaklar kurarlar. Assassin's Creed'in asıl konu aldığı savaş olan tapınakçılar ve suikastçılar arasındaki savaş ise devam etmektedir. Tapınakçılar, suikastçıları alt edebilecek gücü ele geçirmek için Karayipler'e gelirler. Fakat suikastçılar Karayipler'e gelmiş ve korsanlar arasında sayılarını arttırmışlardır.Edward'ın hikayesi bir gemide bir savaşta başlar ve savaştan sonra Duncan adlı bir tapınakçı ve Edward sağ kalır. Edward Duncan'ı uzun bir süre kovalar. Duncan ensonunda ateş eder ve Edward onu öldürürek kılık değiştirir ve bir adam'ı görür ve kurtarır ve adamın gemisi ile Havana'ya giderler. Orada fernando adlı bir tapınakçı ile karşılaşır. En sononda oranın malikhanesini basarken yakalanır ve esir düşer. Adaveke diye biriyle tanışır va Jackdaw'i kaçırırlar ve esirleri tayfaya eklerler ve ilk gemi savaşı olur(başta hikayenin başlangıcı dışında)
